Episódio 1: A estratégia S
Raquel tem problemas ao controlar seu poder. Maria Clara é recrutada. Ao saber que Nathan deseja recrutar Gabriel, Any, disfarçada, tenta usa-lo para espionar os Heróis S. Gabriel foge da Mansão S. Clarinha aparece como a mente por trás de Any.
Episódio 2: O impulso S
Larissa descobre seus poderes. Cauã diz que não precisa de ajuda quando Raquel e Maria Clara o ajudam a derrotar Gabriel. Daiane usa Larissa para roubar provas na escola, Maria Eduarda com a ajuda do Nathan a impede. Any recruta Daiane. Larissa se junta aos Heróis S.
Episódio 3: O recruto Franklin
Neste episódio, Franklin descobre seus poderes numa festa e sai confuso por causa da interferência de Any. Ele fica assustado porque Any se disfarça de alguns Heróis S para machuca-lo e entra para a Irmandade de Mutantes.
Episódio 4: O mutante esmagador
Maria Eduarda e Cauã vão assistir Yuri, um mutante que é mais forte que todo mundo, numa apresentação de força, mas Any o matricula no colégio e quer recrutá-lo para sua Irmandade de Mutantes. Yuri sequestra Maria Eduarda e por incrível que pareça, Franklin o salva.
Episódio 5: Velocidade e Nathalya
Nathalya Lima descobre seus poderes no meio de um jogo de queimado, e sua prima Polliana, tenta convencê-la a juntar-se aos Heróis S. Enquanto isso, o rival dela, Any que é mais rápida que uma bala, rouba os armários do colégio e quem leva a culpa é Nathalya, que é presa. Raquel propõe um acordo com Nathalya que se eles a tirassem da prisão, Nathalya dava uma chance aos Heróis S. No último jogo de queimado da equipe, Nathalya derrota Any.
Episódio 6: Universo do Meio
Maria Clara, depois de brigar com Raquel, se teletransporta para um antigo laboratório. Lá ela encontra um estranho aparelho que, acionado acidentalmente por Franklin, teletransporta Maria Clara para outra dimensão onde conhece o mutante Nathan. Raquel e Nathan trabalham juntos para desfazer a bagunça, enquanto a máquina está nas mãos de Any. Os Heróis S conseguem recuperar a maquina de Any,e Nathan diz para Maria Clara avisar Raquel para que ela religue a máquina, porém Raquel entende que é para destruírem a máquina e se preparar para destruí-la, porém Franklin aparece e religa a máquina e Nathan e Maria Clara escapam, Nathan e Maria Clara volta aos Heróis S.
Episódio 7: A virada de Franklin
Num passeio, Franklin e Raquel são atacados por Any e Franklin acaba sabendo de sua farsa. Franklin descobre que ele foi enganado e que os Heróis S não querem machucá-lo, e acaba juntando-se à equipe.
Episódio 8: A câmera Nathalya
Para recuperar a sua nota baixa no colégio, Nathalya tem que fazer um vídeo com o tema O cotidiano na perspectiva de Nathalya Lima e acaba, sem querer, dando a localização da mansão para o Gabriel. O vilão parte atrás de Cauã e encontra Larissa, Franklin e Nathalya, que ficam em grande perigo; mas Cauã os salva.
Episódio 9: A sobrevivência dos mais aptos
Os Heróis S vão para um campo de sobrevivência, enquanto isso Any liberta um Super poder dentro de Yuri e ele acaba botando ela e o Nathan em perigo. Os Heróis S e a Irmandade lutam juntos contra o Super Yuri.
Episódio 10: Passado sombrio
Como recentemente absorveu os poderes de Any, Laryssa tem sonhos de quando a mutante foi obrigada a jogar sua prima no rio. Através disso, Maria Clara descobre que ela é a prima de Any. Enquanto isso, Cauã vai ao castelo onde Clarinha fazia experiências genéticas com mutantes.
Episódio 11: Lembrete Implacável
Cauã está perturbado desde que viu uma notícia do monte e vai até lá com Larissa e Maria Clara. Controlado, Cauã luta com eles, mas acaba destruindo o laboratório.
Episódio 12: O Caldeirão - Parte I
Raquel descobre que o seu irmão, Miguel, está vivo. Clarinha sequestra o Nathan e o leva para o Asteróide M e convence Raquel e Miguel a irem também. Enquanto isso, os Heróis S e a Irmandade batalham entre si onde só o vencedor terá um lugar no Asteróide M.
Episódio 13: O Caldeirão - Parte II
Clarinha captura os mutantes mais poderosos da Irmandade e dos Heróis S para amplificar seu poder e remover as emoções, numa tentativa de "salvar" a espécie mutante de possíveis confrontos futuros com a humanidade. Porém, nesse jogo de escolha, os resultados são inesperados, e com a derrota de Any pela Poliana, a Irmandade se desfaz numa briga entre Any e Clarinha. Asteróide M é destruído por Raquel e Miguel, mas não antes de Clarinha, Gabriel e Any conseguirem escapar. Nathan e os Heróis S retornam à rotina normal.
Temporada 2 - Desesperos e tensões
Episódio 14: Dores do Crescimento
Depois do desaparecimento da diretora, o diretor Caio, é o novo diretor do colégio. Enquanto isso, Daiane e a Irmandade resolvem revelar o segredo dos mutantes no jogo de queimado, mas Nathan controla a situação, durante a apresentação do novo Diretor, Larissa arranja uma nova amiga, Daiane.
Episódio 15: Sobretensão
Duda começa a ter problemas com seus poderes e com o passar das horas, os problemas aumentam. Destaque para a rivalidade de Raquel e Maria Clara.
Episódio 16: Chiuk Chock
Larissa é notada como uma problemática na mansão. Ela tem uma conversa com o pai, com a mentira de que sua mãe precisa de dinheiro. A irmandade tenta conseguir este mesmo dinheiro. No final, seu pai é preso e ela entra para a Irmandade.
Episódio 17: Diversão
Alguns Heróis S programam uma festa enquanto o Nathan não está em casa, mas para isso, eles têm que distrair os líderes substitutos: Raquel e Duda. Durante a festa, a nova amiga de Larissa, Daiane, leva um dos convidados para mexer no computador da mansão, pensando que fosse um vídeo game. Nesse episódio, revela-se que a verdadeira identidade de Daiane não é o que parece.
Episódio 18: A Fera da cidade
O indivíduo da cidade, Miguel tem ataques ferozes que o levam a parecer um animal. Com a falta de atenção de Nathalya e em outras responsabilidades, ele se sente um nulo na mansão. Destaque para o mais novo mutante na mansão, Miguel.
Episódio 19: À deriva
Miguel é capturado por uma pessoa, o que torna suas férias com Raquel desesperadoras. Com isso passando nos jornais de TV, os Heróis S tentam resgatá-los.
Episódio 20: Eletrocinese americana
Poliana é raptada por uma pessoa que deseja seus poderes para dominar a América. Também Nathalya, irmã de Poliana enfrenta problemas no colégio e na mansão. Porém tudo se resolve quando ela salva Poliana.
Episódio 21: Passeios
Daiane resolve se juntar aos Heróis S, por falta de espaço e de respeito da Irmandade. Raquel não a aceita muito bem, por saber que andava com a turma da pesada. Mas quando os alunos começam a sair às escondidas com os veículos dos Heróis S durante a noite, é sempre Daiane que levava a culpa de ter utilizado e destruído os veículos. Sabendo-se que não foi ela, Daiane desiste da ideia de fazer parte do grupo, alegando que, para ela, seria muito difícil ser uma Heróis S.
Episódio 22: Nas asas do Anjo
Um mutante alado aparece no noticiário da TV, responsável pelas boas ações de salvamento que pratica. Trata-se de Eliseu, o Anjo, e torna-se interesse do Nathan e também de Clarinha. Franklin e Raquel vão atrás do Anjo e lhe propõem que se junte aos Heróis S na mansão. Clarinha também tenta trazer Anjo para o seu lado, mas este recusa sua proposta. Na verdade, Anjo só se junta mais tarde aos Heróis S.
Episódio 23: Andando na corda bamba
Cinco jovens e crianças formam "As Sereias da cidade": Maria Eduarda, Daiane, Nathalya, Larissa e Maria Clara. Elas se sentem mais livres por não serem tratadas como sexo frágil. Combatem o mal com seus poderes e suas habilidades físicas fantásticas.
Episódio 24: Operação Renascimento
Um homem aparece com um aviso á Cauã, de algo que foi roubado, o que não é bom para sua cabeça. Cauã se lembra do passado, quando agiu na 2ª Guerra Mundial, atuando com seu parceiro Caio, e salva um menino que seria a futura Clarinha. E então, Cauã, Maria Clara e Franklin vão destruir a maquina do renascimento e Clarinha a usa e fica mais jovem.
Episódio 25: O incrível telepata
Duda tem um pesadelo durante uma noite e acaba sendo manipulada por uma entidade misteriosa. Nathan e Franklin constatam que o responsável é o mutante irmão gêmeo de Nathan, que acaba também manipulando Maria Clara, Nathalya e Larissa para roubar três anéis egípcios em lugares distintos do mundo. Os outros Heróis S agem contra essa investida, sem saber qual o verdadeiro propósito do vilão e acabam tendo que enfrentar seus amigos. Duda e os outros voltam ao normal, e Nathan descobre que seu irmão gêmeo está sendo controlado por uma entidade muito poderosa. Mas a equipe S não consegue impedir que o vilão fuja levando os anéis e nem desconfiam que eles são a chave para abrir a primeira das três portas que despertarão o mutante Caio.
Episódio 26: Dança das sombras
Com a intenção de entender os poderes de teletransporte de Maria Clara, o Nathan, auxiliado por Miguel, criam uma máquina que permite explorar a dimensão em que o mutante atravessa ao se teletransportar. Os experimentos são bem-sucedidos, até que criaturas ferozes dessa dimensão paralela conseguem invadir o mundo real. A confusão aumenta quando as criaturas surgem em meio ao baile do colégio, mas os Heróis S, com a ajuda de um dos inventos de Miguel, conseguem mandar as criaturas de volta para sua dimensão.
Episódio 27: Retirada
Miguel acha que não está conseguindo mais se adaptar à sociedade devido à sua aparência. Para levantar o seu astral, o Nathan e Larissa sugerem que o mutante leve os alunos que tem notas mais baixas em Ciências (Larissa, Nathalya, Raquel, Maria Clara e Cauã) para passar uns dias fazendo estudos numa floresta. Mas alguns caçadores e pesquisadores conseguem vestígios e imagens de Miguel na mata, e conseguem capturá-lo. Os Heróis S entram em ação para resgatar seu professor.
Episódio 28: O Fator Telepata
Any descobre que Nathan faz exames secretos com Daiane, a irmã de Clarinha, para que ela aprenda a controlar seus poderes. Any sequestra Daiane do centro de estudos onde ela estava e a leva para a Irmandade, e apresenta também uma feiticeira, que agora irá auxiliar Daiane como Nathan fazia. Any acaba elaborando um treinamento com a Irmandade, num shopping center, e os Heróis S surgem para impedir uma iminente ameaça. Mas a Equipe S é vencida graças aos incríveis poderes de Daiane, e pela primeira vez é obrigada a lidar com o fracasso de uma derrota.
Episódio 29: Dia do Ajuste de Contas - Parte I
A Irmandade se une aos Heróis S para ajudá-los a acabar com os planos da Clarinha. Cauã é capturado por um homem, para testá-lo em uma luta contra o robô Sentinela. Raquel se separa dos Heróis S temporariamente. Any coloca a mansão em DEFCON 4, o que possibilita o sistema de defesas para deter qualquer pessoa que passar. Larissa passa pela mansão e vê que Maria Clara foge dela a tempo. O restante dos mutantes ficam dentro da mansão, tentando desvendar o que aconteceu. Larissa e Maria Clara avisam o que aconteceu a Raquel para que ele possa ajudá-los. Clarinha reúne os Acólitos para ajudá-lo, compostos por Daiane, Gabriel e Yuri.
Episódio 30: Dia do Ajuste de Contas - Parte II
Os Heróis S e a Irmandade lutam contra os Acólitos de Clarinha. O robô Sentinela vence Cauã e posteriormente persegue os demais mutantes, ocasionando na descoberta de mutantes no mundo. O robô Sentinela é finalmente derrotado. Os Heróis S descobrem que a mansão foi destruída e que Any se passava pelo Nathan
Temporada 3 - Sem saídas, agilidade e coragem.
Episódio 31: Dia da Recuperação
Os Heróis S e a Irmandade escapam das autoridades para um lugar seguro sem ameaças policiais. Um agente aparece com dados da base militar onde os mutantes capturados no combate com a Sentinela estão. Todos eles invadem a base e os salvam. Raquel tranca Any na base, e vira inimigo principal da Irmandade. Com o desaparecimento do Nathan, a mansão destruída, e o mundo apavorado de mutantes, os Heróis S tentam se esconder para que não arranjem mais confusões.
Episódio 32: Qualidade de Heróis
Poliana e Miguel vão ao senado para defender os mutantes das acusações sobre o desastre envolvendo a Sentinela. Os militares encontram Franklin e Cauã, que fogem e se encontram com os outros em uma caverna. Cauã briga com Raquel e se separa do grupo. Os Heróis S ficam sabendo que Super Yuri está destruindo uma represa perto de um vilarejo e decidem ir até lá. Ele é derrotado e uma repórter presente no local da batalha registra as imagens dos Heróis S, que estão sendo trasmitidas ao vivo no Senado, comprovando a existência de mutantes que lutam pelo bem. Larissa que havia tocado em Super Yuri descobre onde está o Nathan, que é encontrado e, por enquanto as autoridades param de perseguir os mutantes.
Episódio 33: Opinião Geral
Está chegando a hora de definir se os mutantes serão ou não aceitos entre os humanos em Barvelly Hills e, no dia anterior à decisão, os Heróis S ainda podem frequentar a escola. No entanto, todos (exceto Maria Clara, que consegue se disfarçar) sofrem preconceito no colégio. O diretor Caio faz um complô quando intenciona a Irmandade de que os humanos tem medo deles, e ao mesmo tempo incita Maria Clara, amiga de Duda, que a Irmandade odeia Raquel. Maria Clara e a Irmandade agem em conjunto contra Raquel e uma briga desenrola no momento em que a reunião sobre a decisão final está acontecendo. Mais uma vez os Heróis S se tornam exemplos do bem e fica decidido que podem frequentar o colégio normalmente. Mas os mutantes não ficam nada satisfeitos com o tamanho preconceito que ainda sofrem.
Episódio 34: Do que um Vilão é feito
Daiane tenta usar Gabriel como isca para atrair Clarinha, e o faz ser capturada pelo exército. Yuri, a serviço de Clarinha, recruta a Irmandade para resgatar Gabriel. Com a intervenção de Franklin e Larissa, o exército sobrevive ao ataque da Irmandade, que depois de salvar Gabriel, descobre que terão de obedecê-lo se quiserem trabalhar para Clarinha.
Episódio 35: Beco sem Saída
Any consegue escapar do centro de pesquisas onde está mantida como estudo, e prepara sua vingança contra Raquel. Ela se passa por Miguel, dizendo que está na Cidade do México e perdeu o voo de volta. Raquel, acreditando ser seu irmão, vai buscá-lo e acaba caindo no plano de Any, que o abandona numa região deserta do país. Duda sente que Raquel está em apuros e parte com Poliana, Cauã e Nathan para resgatá-la. Duda ainda chega a tempo de dar uma surra em Any, que estava lutando contra Raquel. Ao final, a amizade entre Duda e Raquel fica ainda mais visível.
Episódio 36: Medidas Extremas
Nathalya sofre preconceito durante um campeonato de Queimado, e retira-se apressada do lugar, ingerindo sem querer uma bebida contagiosa para mutantes, que provoca o aceleramento da sua mutação. Ela passa mal e é encontrada por Morlocks, uma mutante que faz parte dos Morlocks, um grupo de mutantes que se esconde no esgoto de Bavery Hills por possuírem aparência assustadora para os humanos. Junto dos Morlocks e dos Heróis S, Nathalya ajuda a deter a empresa fabricante da bebida. No entanto, Nathalya prefere ficar por um tempo com os Morlocks a ter que permanecer nos Heróis S, sendo ofendido pelos humanos, e deixa a Equipe S.
Episódio 37: O Nojento, A Telepata e o Guarda-Roupa
Clarinha encontra o mutante Mestre Mental, o criador de ilusões, e o faz trabalhar para ele. O que Clarinha quer é alterar as memórias de Daiane, sua irmã, que a despreza por ser maltratada e desprezada por sua irmã durante toda a sua vida. Daiane é capturada e Gabriel, que quer conquistar o coração da mutante, pede ajuda de Maria Clara para resgatá-la. Apesar de ter seu relacionamento com uma pessoa amiga danificada por Gabriel, que lhe descontrolou seu poder revelando sua verdadeira forma para os pais da amiga, Maria Clara decide ajudar o nojento. E conseguem, embora Mestre Mental tenha conseguido alterar as memórias de Daiane, para a felicidade de Clarinha.
Episódio 38: Auto Possessão
Franklin sofre de sobretensão dos seus poderes, ficando confuso por ter que conflitar em sua cabeça, todos os poderes que ele viu. A convite de sua amiga, ele decide ir a uma quadra, mas sofre um acidente em meio ao público e ele tem contato com várias pessoas, inclusive sua amiga, descobrindo que ela é Any disfarçada. Os poderes de Any fazem efeito em Franklin, que, inconsciente, começa a utilizar os poderes de todos estes. Os Heróis S se juntam, mas ninguém consegue detê-lo. Conturbado, Franklin foge de todos, inclusive de Any. Com muito esforço, Cauã e Nathan ajudam Franklin a lidar com o seu psicológico, e finalmente, ele se acalma.
Episódio 39: Trancafiado
O irmão gêmeo de Nathan aparece novamente, dessa vez manipulando Yuri para roubar um artefato antigo, metade de uma aranha de metal, que está situada onde Anjo reside. Clarinha aparece e o detém, levando o irmão gêmeo e o artefato. Com a ajuda de Mestre Mental, Clarinha descobre que o irmão gêmeo planeja libertar Caio, o mais poderoso de todos os mutantes, mas o irmão gêmeo escapa. Temendo que o irmão gêmeo cumpra seu objetivo, Clarinha decide partir com os Acólitos para conseguir a outra metade da aranha, que está em Londres, antes do Cris (irmão gêmeo de Nathan). Ao mesmo tempo, Anjo vai até a Mansão S e relata o ocorrido ao Nathan, que decide ir a Londres também com Raquel, Duda, Miguel e Anjo. Larissa, às escondidas, também vai para a missão. Em Londres, Heróis S e Acólitos se enfrentam, mas Clarinha consegue a outra metade da aranha e une as duas metades, fazendo surgir do artefato uma aranha gigante, denominada Aranha-Guardiã, e quase invencível. A própria Clarinha destrói o monstro. Nathan conseguiu ler a mente de Cris antes que ele fugisse, e descobriu que o mutante iria despertar a Aranha-Guardiã para que ela realmente fosse destruída, pois a Aranha estava a caminho de destruir Caio, e era o único ser que poderia evitar sua libertação. Como Clarinha acabara de destruí-lo, fez com que a segunda porta que aprisiona Caio abrisse. Decepcionado, Nathan não conseguiu descobrir de Cris o local exato onde se encontra a última porta que precisa ser aberta. Curiosidade: destaque para a equipe que participou da missão, pois Raquel, Duda, Miguel, Anjo e Larissa foi a equipe que fundou os Heróis S, com o Nathan.
Episódio 40: O Cruzeiro
Alguns Heróis S estão em viagem num Cruzeiro, para se distrair. A situação complica quando as pessoas descobrem que tem mutantes à bordo, e passam a ignorar os Heróis S. Quando o Cruzeiro ancora próximo a uma ilha para esperar passar um temporal que está chegando, Duda e Raquel, aproveitam para dar uma volta na ilha. Mas os outros Heróis S também decidem ir à ilha, e quando acidentalmente são descobertos, são tratados como verdadeiros heróis pelos habitantes da ilha. Um vulcão que estava adormecido, é despertado depois que Miguel toca uma fenda no fundo de um lago, enquanto nadava. O mutante, sozinho, dá conta de fazer com que o vulcão volte a dormir, e descobre mais sobre os seus poderes.
Episódio 41: Capa Negra
Cauã descobriu através da S.H.I.E.L.D que a Dra., trabalhando para os Acólitos, tinha criado um clone fêmea dele. O clone possuía duas garras retráteis em cada mão (em vez de três como Cauã) e uma garra similarmente retrátil em cada pé (que Cauã não tem). O clone foi identificado somente pelo codinome de Capa Negra (o primeiro sucesso após 22 falhas) e negou a vida de uma criança normal, ficando solitária. Não teve quase nenhuma companhia e vivia sob observação durante toda sua vida. Teve que gastar a maioria de seu tempo treinando para afiar suas habilidades. Irritada, Capa Negra decidiu-se começar a vingança contra Cauã. Invadiu a mansão dos Heróis S à procura dele, e quando encontrou os outros Heróis S, pode derrotá-los facilmente, com poucos problemas. Quando Cauã a confrontou, sentiu-se pesaroso para com a menina, assim em vez de entregá-la para a S.H.I.E.L.D. como o agente queria, ele deixou-a ir.
Episódio 42: Horizonte Negro - Parte I
Larissa, sem que ninguém perceba, começa a agir estranhamente, roubando os poderes de todos os mutantes (Heróis S, Irmandade de Mutantes e Acólitos). Clarinha descobre, através de câmeras em seu esconderijo, que Larissa está roubando os poderes de todos, e deduz que Cris a está manipulando. Todos os mutantes se unem, então, para tentar deter o plano de Cris, que provavelmente pretende despertar Caio. Cauã, Gabriel e Yuri partem à procura de Larissa. Nathan descobre que Caio pode estar num templo no interior da Esfinge, e parte para o Egito junto de Clarinha, Miguel, Raquel, Duda, Poliana, Franklin, Maria Clara, Daiane e Nathalya. Cauã, Gabriel e Yuri, seguindo rastros que os levam até o Tibet, descobrem que Any também está junto de Cris e Larissa. Na Esfinge, os mutantes são atacados pelos robôs-estátuas que guardam o templo secreto.
Episódio 43: Horizonte Negro - Parte II
Os mutantes têm dificuldades ao vencer os robôs. Miguel consegue ler os hieróglifos na parede do templo e descobre o passado de Caio. Caio foi encontrado abandonado no deserto ainda bebê. Tão logo encontrado, foi colocado para ser treinado pelos guerreiros egípcios do reino antigo, pois já sabiam que ele possuía poderes mutantes. Temendo ter seu reino rebelado por um mutante, o rei do templo egípcio pediu que Caio e os guerreiros fossem dizimados, mas o mutante não conseguiu ser destruído, e assassinou o rei, se auto-proclamando novo líder, com o nome de Caio. Ficou sabendo de uma artefato egípcio, denominado "O Olho das Eras", que veio do espaço através de uma nave há muito tempo e planejou utilizá-lo para transformar humanos em mutantes. Mas foi traído pelos seus súditos e acabou sendo aprisionado num tipo de concha em formato de pétalas de flor, e transferido para o local mais alto do mundo, as montanhas do Tibet, de onde jamais poderia despertar. Nathan encontra a nave que trouxe o "Olho das Eras", que também foi a mesma que os egípcios utilizaram para levar Caio ao Tibet, e parte nela, com todos os mutantes, para lá. Ao mesmo tempo, Cris chega à última porta que precisa ser aberta, e acaba revelando que Any e Larissa são as chaves restantes. Any, indignada por ter sido enganada por Cris, atravessa a porta por uma pequena abertura, que só ela poderia atravessar sob uma forma de serpente, e aciona com a mão a chave para que a porta seja aberta. Ao encostar na chave, Any se transforma em pedra. Larissa, ainda dominada, atravessa a porta e desce até a concha onde está Caio. Cauã, Gabriel e Yuri chegam ao local, mas são detidos por Cris. Larissa abre a concha de Caio, e assim que o vilão acorda, ele toca em Larissa, roubando-lhe os poderes de todos os mutantes que ela tinha absorvido. Cauã consegue passar por Cris e chega ao local da concha, e vê Larissa desmaiando e Caio levantando. Os Heróis S chegam ao local. Cauã tenta impedir Caio e é derrubado com apenas um levíssimo movimento de punho fechado do mutante. Nathan e os outros estão para atravessar a porta, mas são detidos por Caio, que derruba todos e foge na nave que os Heróis S vieram do Egito. Nathan alega que a verdadeira batalha acaba de começar.
Temporada 4 - Dúvidas
Episódio 44: Impacto
Caio destrói a Península de Yulcatán, no México e monta ali a sua base. Os Heróis S ficam sabendo da notícia pela TV, e partem para o México. Lá, surge Clarinha, que tenta de todas as maneiras destruir uma espécie de campo de força que envolve a base. Mas Caio surge e destrói Clarinha, voltando para o interior da base. Enquanto isso, na mansão, Maria Clara fica sabendo que Nathan estudou a estátua de Any, e descobriu que não conseguiria fazer com que ela voltasse ao normal, doando-a à Irmandade. Maria Clara parte em resgate da estátua de sua mãe e a trás de volta para a mansão. Uma telepata aparece, a pedido de Maria Clara, para analisar a estátua e descobrir uma maneira de trazer Any de volta à vida. A telepata diz que Larissa é a única que pode trazer Any de volta ao normal e Maria Clara pede a ela que o faça. Mas Larissa não pensa duas vezes e empurra a estátua em um desfiladeiro, que se quebra em pedaços.
Episódio 45: Boa Ação
Daiane, sem querer, causa um acidente no metrô em que está com a Irmandade. Ela, Yuri e Gabriel saem do metrô, e sem a intenção, acabam salvando todos os passageiros. Uma passageira salva agradece, doando-lhes uma cheque de alto valor. Assim, são tratados como heróis pela mídia, o que deixou os Heróis S revoltados. Para tirar proveito dessa situação, a Irmandade acaba provocando acidentes de propósito, para aparecer na mídia e ficar com o mérito dos Heróis S, destruindo a imagem da equipe S. Até que num terrível acidente que envolve dois trens, os Heróis S acabam salvando as vítimas e a farsa da Irmandade é descoberta, fazendo com que eles percam tudo o que tinham conquistado.
Episódio 46: Alvo S
Omega Red e Desafio, membros da Caiato, vêm à Bervelly à caça de Cauã, a fim de usá-lo como isca para atrair Capa Negra. Abandonado numa região florestal próxima à base da Caiato., Cauã acaba encontrando Capa Negra e os dois são capturados e levados para a base. Capa Negra e Cauã escapam sem muitas dificuldades e a mutante planeja vingança contra a cientista Madame Caiato e a SHIELD. Sentindo-se ameaçada, Madame Caiato e Desafio tentam fugir numa nave, mas Capa Negra implanta bombas no interior da nave, que se danifica e cai, explodindo. Mas Capa Negra consegue escapar, e se mantém escondida na região, enquanto Cauã é trazido de volta por um agente.
Episódio 47: Os Pecados do Irmão
Nathan recebe uma ligação de seu filho, Cris, pedindo por socorro. Ele parte com Polliana, Duda e Raquel para a casa de sua ex-amiga e descobre que seu irmão está desaparecido. Os Heróis S conhecem Tiran, um garoto que foi encontrado nas ruas por Cris, e que agora mora em sua casa. Mas o garoto sabe do paradeiro de Cris e não quer revelar aos Heróis S. Duda e Raquel vão investigar num castelo abandonado, onde festas eram organizadas pelo mutante, mas são capturados e presos nos arredores do castelo por Cris. Nathan, sua ex-amiga e Polliana vão até o castelo, salvam Duda e Raquel e descobrem que Cris e os outros são a mesma pessoa. Nathan tenta fazer contato telepático para que apenas Cris sobrepuje sobre às outras duas personalidades. Mas Cristhian aparece, revelando que na verdade ele é o irmão de Cris e que armou este plano para que, com os poderes de Nathan, seus poderes pudessem ser libertados. Cristhian foge, e Nathan ganha mais um problema para preocupá-lo.
Episódio 48: O Levante
Leech é um menino que pode desligar a energia mutante e da luz. Nathalya reaparece dos esgotos e salva Leech. Dankas é um opositor contra os mutantes. Leech tinha uma dor de cabeça horrível e ela passa quando ele usa o seu poder. Sua mãe não fica feliz com isso, pois agora Leech é considerado como mutante.
Episódio 49: Tempero Picante
Yuri e Franklin se aproximam e ajudam o pai de Yuri, que está sob poder do Clã dos Assassinos, clã inimigo do Clã dos Ladrões, o qual a família de Yuri pertence. Destaque para a imensa proximidade de Yuri e Franklin.
Episódio 50: A Mínima Chance
O episódio começa com o sonho de Larissa,encontrando sua amiga. Esta aceita a entrar para os Heróis S , mas causa muitos problemas. Larissa acorda e estranha tudo de sua amiga desaparecer. Quando vai anunciar aos outros o acontecido,descobre que tudo foi um sonho. Mas Larissa convence Maria Clara para irem ao lugar onde sua amiga tinha encontrado Larissa. Ela penetra no lugar e descobre ela. Maria Clara busca a ajuda de algumas pessoas para salvar Larissa e sua amiga. Elas são salvas. Cauã pergunta ao Nthan o que tinha acontecido e ele diz que é um tipo de telepatia que assusta as outras pessoas,mas no caso de Larissa, sua amiga só teve contato com ela através do sonho.
Episódio 51: A Saga da Fênix - Parte I
Um Imperador de Shiar, pretende tomar para si os poderes do cristal de M'Kraan e recriar o universo a sua maneira. Para tanto ele terá que vencer um último obstáculo: sua irmã Lilandra. Ela, por sua vez, pede para Nathan e seus pupilos impedirem o plano do seu irmão,num sonho,então Nathan manda os Heróis S para o espaço numa nave para tentar que Eric,o vermelho intercepta Lilandra que está vindo para a terra num buraco de minhoca.
Episódio 52: A Saga da Fênix - Parte II
Durante a intervenção contra D'ken, Maria Eduarda tem seu corpo dominado por uma nova identidade, a Fênix. Enquanto isso, Nathan acaba liberando a sua parte do mal dentro de si,mais Duda consegue deter essa parte o Nathan vai para a Irlanda descansar, mas ele acaba recebendo a visita surpresa de duas pessoas, o Super Yuri e outro vilão conhecido com Gabriel,eles trabalhão para Eric,o Vermelho,a mando de D`ken.
Episódio 53: A Saga da Fênix - Parte III
Lilandra vai ao encontro de Nathan na Irlanda. Ela, mais uma vez, pede ajuda do Nathan no caso do cristal de M'Kraan, mas ela e ele são sequestrados por Super Yuri. Duda continua sofrendo por causa da energia da Fênix que ainda reside em sua mente. Os Heróis S começam a duvidar da sanidade de Nathan, uma vez que Lilandra, a qual apenas ele conseguia ver através de seus poderes mentais, fora sequestrada,mais eles vão ajudar,Nathan e lilandra, no meio da luta aparece o Gladiador um funcionário de D`ken, ele é derrotado pela Fênix, no corpo de Maria Eduarda, e foi revelado que a Fênix é guardiã do cristal,ela leva todos os Heróis S a nave de Lilandra no espaço sideral, exceto por Nathan.
Episódio 54: A Saga da Fênix - Parte IV
Duda que transformara de vez na Fênix quando a batalha final pelo cristal M'Kraan se aproxima. A Fênix transporta os Heróis S para a nave de Lilandra, onde o cristal foi escondido.O cristal é roubado pelo um grupo de piratas siderais chamados INTERCEPTADORES ESTRELARES,Corsário o líder do grupo sequestra Raquel.por meio da conexão mental de Duda e Raquel,eles seguem a nave de Corsário vai trocar o cristal com D`ken, mas é armadilha para Raquel atirar nele,mais D`ken envia mais um bando de soldados para roubar a pedra. Lilandra e os Heróis S chegam a batalha para salvar o cristal e o universo que conhecemos é inevitável,consegue roubar o cristal e libera o seu poder para si.
Episódio 55: A Saga da Fênix - Parte V
D'Ken consegue o cristal e começa a criar seu próprio universo. Quer absorver toda a vida do sistema solar.Apenas a Fênix poderá salvar a todos, mas para isso ela terá que sacrificar a si mesma e a Maria Eduarda, Fênix derrota D`ken, mais para isso ela morre, todos os Heróis S voltam para terra exceto por Duda.
Episódio 56: A Saga da Fênix Negra - Parte I
A Fênix continua a habitar o corpo de Duda. A heroína é seduzida através de seus poderes mentais por Jason Wyngard, o Mestre Mental do Cuble do Inferno.gora, Wyngarde usa os poderes de uma confusa Duda- a quem pretende desposar- contra os Heróis S.
Episódio 57: A Saga da Fênix Negra - Parte II
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